Sowohl in der Pauluskirche als auch in der Pauluskapelle wurden später Orgeln der Windesheimer Firma Gebr. Oberlinger Orgelbau installiert. Die große Orgel der Pauluskirche, die auf der hinteren Sängerempore steht, wurde 1957 als einer der ersten mechanischen Orgeln nach dem Krieg erbaut und hat in ihrem Prospekt 43 Register, verteilt auf drei Manuale und Pedal. Das neobarocke Orgelgehäuse korrespondiert im Kirchenraum mit dem gegenüberliegenden barocken Altar/Kanzel-Ensemble. Die Gehäuserahmen und die Gesimse der Orgel bestehen aus massivem Nussbaumholz. Die von dem Bad Kreuznacher Bildhauer Karl Steiner geschnitzten und Blatt vergoldeten Ornamente zeigen Reben und Trauben. Die Windladen wurden aus Eiche mit gespundeten Eichenholzschieden nach historischer Bauweise gebaut. Orgelbaumeister Ernst Oberlinger konzipierte zusammen mit seinem Bruder Hermann, dem Bad Kreuznacher Architekten Karl Schneider und dem damaligen Kantor der Pauluskirche, Wilfried Bergmann, die Orgel in neobarockem Stil.
2019 wurde die Orgel durch die Firma Raab & Plenz Orgelbau restauriert. 

2012 wurde auf der gegenüberliegenden Empore ein von der damaligen Kantorin Beate Rux-Voss konzipiertes Instrument von Eule Orgelbau Bautzen (op. 668) eingebaut und am 28. Mai 2012 eingeweiht. Die Disposition ist mit ihrer Grundtönigkeit und unterschiedlichen Streicher- und Zungenfarben für romantische Literatur geeignet. Es besitzt zwei Manuale und umfasst 40 Register mit verschiedenen Spielhilfen: